上総武田氏は武田信満の子・武田信長に始まる家系である。古河公方足利成氏によって上総国の支配を認められて同国を支配した。信長の息子・信高の死後、嫡流は庁南城に、分家は真里谷城に本拠を構えた。嫡流は地名を取って庁南氏（ちょうなんし）を名乗ることもあった。上総武田家最後の当主・武田豊信は地元の伝承では信玄の三男・西保信之と同一人物とされ、甲斐武田氏滅亡後に弟の仁科盛信の家族を匿ったという説がある。以後、豊信は北条氏傘下の将として徹底した反織田氏・反豊臣氏路線を貫き、1590年に関東平定中の豊臣軍によって居城を囲まれると自害して果て、同氏は滅亡した。
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一方、真里谷城の分家は真里谷氏（まりや/まりやつし）と名乗った。戦国時代前半には上総国西部から中部一帯を領有する大勢力となった。真里谷信保は古河公方足利政氏の子・義明が家督争いの末に出奔するとこれを迎え入れて「小弓公方」と名乗らせ、自らは「房総管領」を名乗ったと言われている。だが、庶出ながら一人息子であった信隆に家の実権を譲った後に正室から次男信応が生まれると、「嫡出の信応を後継者とすべき」とする一派と「一度信隆を後継者と決めた以上は変えるべきではない」とする一派に家臣団は分裂してしまった。信保の死後、当主になった信隆ではあったが、程なく信応派が足利義明や里見義堯と同盟を結んで信隆を真里谷城から追放してしまう。このため、信隆は北条氏綱の元へと亡命することとなった。これが第一次国府台合戦の一因とも言われている。同合戦後、北条軍に攻められた真里谷信応とその支持者は降伏して信隆が当主に復帰したが、信隆の死後に里見義堯が信隆の後を継いだ信政を攻め滅ぼして真里谷氏を支配下に収めるのである。だが、第二次国府台合戦後には再び北条氏に屈服し、豊臣氏の関東平定によって所領を奪われて那須氏のもとへ亡命、真里谷氏も庁南の本家と運命をともにするのである。
なお、嫡流は武田豊信の子・氏信が生存し、庁南城落城の後家臣団に守られて近隣に移住、郷士として土着した。そしてそのまま江戸時代を乗り切り、現在も血筋が続いている。分家のその後は不明である。